Para resolver el problema de re-direccionamiento de dominios sin www a www en codeigniter, es muy fácil solo hay que editar nuestro archivo .htaccess , suponiendo que ya eliminaste el Index.php solo agregamos estas dos lineas justo antes del código que nos permite eliminar el index.php en codeigniter

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^tuweb.com
RewriteRule (.*) http://www.tuweb.com/$1 [R=301,L]

Nuestro archivo .htaccess deberia quedar asi.

<IfModule mod_rewrite.c>
    RewriteEngine on
    RewriteCond %{HTTP_HOST} ^tuweb.com
    RewriteRule (.*) http://www.tuweb.com/$1 [R=301,L]
    RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
    RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
    RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L]

    
</IfModule>
<IfModule !mod_rewrite.c>
    ErrorDocument 404 /index.php

</IfModule>